作为一种功能性低聚糖，低聚半乳糖对肠道中的益生菌有很强的增殖作用，同时具有和膳食纤维相同的作用，可促进肠胃蠕动，改善肠道功能。低聚半乳糖对热和酸相当稳定，不会因为在加工过程中的高温杀菌及人体胃酸分解而失去其本来应有的特性，因此可满足各种食品加工工艺的要求。

母乳中含有的低聚糖种类高达130多种，其中含量最多的为低聚半乳糖，其以短链糖的形式存在于肠道中。婴幼儿配方奶粉中，低聚半乳糖是应用最为广泛的一种益生元，因为其具有促进婴幼儿肠道健康、增加免疫力、抵抗感染作用，且不易引起婴幼儿出现.上火的情况，目前也是最接近母乳低聚糖的一种益生元。

国际上允许在婴幼儿奶粉中添加的益生元就包括低聚半乳糖，其在婴幼儿配方食品、较大婴儿和幼儿配方食品及婴幼儿谷物辅助食品中的总量不超过64.5gkg。我国在2008年正式批准低聚半乳糖为新资源食品，并规定了相应的使用标准，使用范围为婴幼儿食品、乳制品、饮料、烘烤食品、糖果，推荐的摄入量为每天不超过15克。目前，市场上出售的婴幼儿配方奶粉中含有的益生元基本上都含有低聚半乳糖，由于极高的安全性和良好的生理功能，成为许多婴幼儿配方奶粉中的首选原料，当然低聚半乳糖还可应用在其他领域。