作为一种天然活性成分，低聚果糖益生元除具功能性低聚糖作用外，还可促进肠道菌群平衡，增加双歧杆菌的活性和定殖。同时，低聚果糖还可作为一种新型的天然甜味剂，其甜度为蔗糖的0.3-0.6倍，热量低，具有抗龋齿的作用。相关试验指出，低聚果糖能够促进钙的吸收率达70.8%,因此具有促进生长发育和防止骨质疏松症的作用。

国际上允许在婴幼儿奶粉中添加的益生元还包括低聚果糖，这也恰好说明其安全性和有效性得到保障。2006年，卫生部批准低聚果糖作为新资源食品。此外，低聚果糖用于婴幼儿食品及调制乳粉，应当符合《食品营养强化剂使用标准》(GB14880-2012)的规定。低聚果糖作为食品配料用于其他食品时，应当符合相应食品的标准。

目前，低聚果糖在食品中应用最广泛的领域为乳制品。发酵乳制品中添加低聚果糖可为产品中的双歧杆菌等益生菌提供营养食物，延长保质期;非发酵乳制品中添加低聚果糖，可解决婴幼儿和中老年人易上火和便秘等问题，同时还可更好的促进人体对钙的吸收，具有降低血脂和血糖的作用。由于低聚果糖在酸性条件下的稳定性优于蔗糖，且能使双歧杆菌增殖，因此广泛地代替部分蔗糖应用于酸奶、乳酸菌饮料等酸性食品。